En Fevrier 2005, il effectua une tentative suicidaire, Wentz prit une surdose de Ativan, médicament contre l'anxiétée, et comme résultat, passa une semaine a l'hôpital. En parlant de l'évenement a un magazine, il dit "Je m'isolais, et plus je m'isolais, plus je me sentais seul . Je ne dormais pas. J'ai juste voulu cesser complètement de penser à n'importe quoi." Après cet évènement, Pete Wentz retourna vivre chez ses parents.
En Mars 2006,des photos de Wentz nu furent postées et rapidement, elles traversèrent le net. Wentz posta une réponse sur le site officiel de Fall Out Boy qui disait que les photos furent volées de son T-Mobile Sidekick, et après "se sentant mal a propos de ceci pour quelques 24 heures, il se sent maintenant prêt a rire de ceci." Le videoclip pour le single This Ain't a Scene, It's an Arms Race contiens une scene faisant reference a l'incident. Pete Wentz a aussi confirmer qu'il n'était pas homosexuel ou bisexuel. Les rumeurs le disant sont fausses. Il a comme surnom Pete, Petah, Peterabit, P, Peterpan et Petey